Poco después del final de las apariciones de Fátima, Francisco cayó enfermo. Vivió todos sus sufrimientos unido al Señor y a la Virgen y ofreciéndolos en reparación de las ofensas cometidas contra ellos, como la Señora le había pedido. Tenía gran deseo de ir al cielo, y esas fueron casi sus últimas palabras, cuando se despidió de su hermana y su prima.